干细胞疗法可治疗的疾病主要为神经系统疾病、免疫系统疾病和部分其他疾病。但应注意，目前除造血干细胞移植外，其他的干细胞疗法多处于临床试验阶段，疗效尚需研究者进行长时间观察、随访和评估。
1.神经系统疾病：如脑瘫、脊髓损伤、运动神经元病、帕金森病、脑出血、脑梗塞后遗症、脑外伤后遗症等，都可以通过干细胞疗法来进行一定的治疗或部分改善症状。
2.免疫系统疾病：如糖尿病、皮肌炎、肌无力、血管病变、硬化病、白血病等，可以通过干细胞疗法得到治愈或缓解。如急性白血病患者接受造血干细胞移植治疗。
3.其他疾病：干细胞疗法还适用于如肝病、肝硬化、股骨头坏死等疾病
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